Utvecklingen av skärgårdsområdena styrs av visionen om ett gott liv i skärgården. I skärgårdsprogrammet presenteras de principer och teman som stöder visionen. Verksamhetsprinciperna i programmet är skärgårdens styrkor och hur de kan nyttjas, uppbyggande av samarbete och nätverk, smart anpassning samt större ansvar för miljön.
Skärgårdsprogrammet har fem teman och för varje tema presenteras de viktigaste målen. Under temat om skärgårdens förbindelser och trafik behandlas trafikförbindelserna och kommunikationsförbindelserna i skärgården. Temat om boende, barn och unga behandlar tillgängligheten till tjänster, den multilokala livsstilen och platsoberoende arbete samt barns och ungas vardag i skärgården. Under temat om näringar och tjänster behandlas näringsverksamheten i skärgårdsområdena, både traditionella näringsgrenar och moderna företagsformer, samt tjänsterna i skärgården. Temat om skärgårdskulturen behandlar de unika kulturmiljöerna i skärgården och livsstilen i skärgården. I samband med temat om naturen och miljön betonas vikten av att skydda naturen och vattendragen i skärgården och att sörja för skärgårdens bärkraft.
Skärgårdsprogrammet innefattar inga konkreta åtgärder, utan skärgårdsdelegationen gör upp en årlig verksamhetsplan med de åtgärder som stöder målen för skärgårdsprogrammet.